实验室将紧密围绕院、所新时期的创新战略与目标，紧紧抓住为国家经济和社会发展做贡献这一中心任务，努力在学科凝练、研究队伍优化、科研水平及科研产出提升、人才培养、实验室建设等方面，在物种多样性的分类、进化生物学、外来入侵种、动物疫病、动物仿生学等领域，为国家做出更多、更大的创新性贡献。

在未来15年内，通过努力使实验室的综合科研创新能力得到显著的全面提升，将其建设和发展成为世界知名的动物系统学与进化研究基地，力争进入中国科学院院级重点实验室和国家重点实验室行列，到2010年建设和发展成为国内外公认的、亚洲最大、研究水平最高、综合实力最强的动物系统分类与进化研究中心，为国家的经济和社会发展及国家安全做出应有的贡献。