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Douglas Chesters
 

个人简历

个人基本信息:

姓名:Douglas Chesters

性别:男

学位授予时间及国别:博士,2010年,英国。

职称:博士后

联系方式:中科院动物所动物进化与系统学重点实验室昆虫功能群进化研究组

     电话:010-64807085(办)

     E-mail: dc.1984@yahoo.co.uk

学习经历:

2003年9月 -2006年7月, University of Lecester, UK,攻读学士学位;

2006年10月-2010年9月, Imperial College London, UK,攻读博士学

工作经历:

2010年10月-2011年2月, Palacky University, Czech Republic, 生物信息分析员;

2011年3月 -2011年6月, Natural History Museum, London,生物信息分析员;

2011年7月 -至今,    中国科学院动物研究所,北京,生物信息分析员。

研究领域

分子分类学与系统学研究

研究兴趣

在以前采用分子数据对动物物种实现分子分类的研究基础上,结合研究组现有研究基础与在研项目,以昆虫作为主要研究对象,建立生物信息平台,以期构建在物种水平上含最大信息量的分子序列数据集,开展分子分类与分子系统学研究,实现蜜蜂总科昆虫的物种智能鉴定,并探讨物种之间的系谱关系。

获奖情况

Ede and Ravenscroft Academic Prize, 2005, conferred by Ede and Ravenscroft.。

承担项目情况

Douglas在博士期间运用生物信息学手段研究了大规模系统发育分析过程中出现的系列问题。在2009年7月获得博士学位后,他分别在捷克和英国两所大学短暂工作,参与国际鞘翅目“生命之树”研究。

他已经于2011年7月5日受朱朝东研究员邀请加入研究组,作为研究组信息分析员,他参与了下列项目中的分子分类与物种识别方面的主要工作:

1、果树食心虫优势天敌、化学通讯与与性信息素综合防控技术研究,农业部行业科技基础专项课题,2011年1月-2015年12,朱朝东主持

2、腹柄姬小蜂属分类与分子系统学研究,国家自然科学基金委面上项目,2012年1月-2015年12月,朱朝东主持

3、中国潜蛾科系统分类研究,国家自然科学基金委面上项目,2012年1月-2015年12月,武春生主持

基于形态特征和基因序列的中国阔柄跳小蜂属分类研究,国家自然科学基金委面上项目,2011年1月-2013年12月,张彦周主持

发表论文

完成博士论文1部:

1. Douglas Chesters. 2010. Towards the true tree: Bioinformatic approaches in the phylogenetics and molecular evolution of the Endopterygota. 导师:英国帝国理工学院Alfried P. Vogler教授。

发表或接受学术论文6篇:

1. Douglas Chesters. and Alfried Voglers, 2013. Resolving ambiguity of concatenation in multi-locus sequence data: a post-taxonomic approach for building phylogenetic supermatrices. Systematic Biology, on-line ( http://sysbio.oxfordjournals.org/content/early/2013/02/15/sysbio.syt011.abstract ).

2. Douglas Chesters, Ying Wang, Fang Yu, Ming Bai, Tong-Xin Zhang, Hao-Yuan Hu, Chao-Dong Zhu, Cheng-De Li, Yan-Zhou Zhang. The integrative taxonomic approach reveals host specific cryptic lineages in an insect parasitoid species complex (Chalcidoidea; Hymenoptera). PLoS ONE (Accepted, SCI: 4.351).
学术贡献:构思并完成多分子数据整合、分析,将物种界定(species delimitationGMYC技术首次应用于小蜂总科研究,并参与论文写作与修改。

3. Deyan Ge, Douglas Chesters, Jesus Gomez-Zurita, Lijie Zhang, Xingke Yang, Alfried Vogler 2011. Anti-predator defense drives parallel morphological evolution in flea beetles. Proceedings of the Royal Society B. 278(1715), 2133-2141. (SCI: 5.064)
学术贡献:共同完成分子数据分析工作,并参与论文写作与修改。

4. Ge D, Gomez-Zurita J, Chesters D, Yang X, Vogler AP. Suprageneric systematics of flea beetles (Chrysomelidae: Alticinae) inferred from multilocus sequence data. Molecular Phylogenetics Evolution. 2012 Mar; 62(3): 793-805. Epub 2011 Dec 14. (SCI: 3.889)
学术贡献:完成多分子数据整合、分析,并参与论文写作与修改。

5. Donald L. J. Quicke, M. Alex Smith, Daniel H. Janzen, Winnie Hallwachs, Jose Fernandez-Triana, Nina M. Laurenne, Alejandro Zaldivar-riveron, Mark R. Shaw, Gavin R. Broad,  Seraina Klopfstein, Scott R. Shaw, Jan Hrcek, Paul D. N. Hebert, Scott E. Miller, Josephine J. Rodriguez, James B. Whitfield, Michael J. Sharkey, Barbara J. Sharanowski, Reijo Jussila Q, Ian D. Gauld [deceased], Douglas Chesters, Alfried P. Vogler. Utility of the DNA barcoding gene fragment for parasitic wasp phylogeny (Hymenoptera: Ichneumonoidea): data release and new measure of taxonomic congruence. Molecular Ecology Resources. (Accepted, SCI: 1.631)
学术贡献:共同构思,并完成多分子数据整合、分析,并参与论文写作与修改。
注:Douglas Chesters博士在本项目中开发了185kb5800余行数据整合和分析软件,实现多分子数据自动化处理。另外一篇独立论文也将以他为第一作者投稿。

6. Qing-Yan Dai, Qiang Gao, Chun-Shen Wu, Douglas Chesters, Chao-Dong Zhu, and Ai-Bing Zhang. Testing the efficiency of COI and ITS barcodes in species identifcation for closely related pinemoth species (Dendrolimus) in China. PLoS ONE. (Accepted, SCI: 4.351)
学术贡献:完成多分子数据整合、分析,提供物种界定(species delimitationGMYC技术与分析结果,并参与论文写作与修改。

技术成就:

  1. Douglas博士建立了一套流程,可以将单个或者多个基因整合到大数据集中的可行性。
  2. 他处理了一些系统发育信息学分析过程中利用分子数据进行物种分类的新问题。目前已经出现仅用分子数据设定物种界限的工作,但是在用多位点信息时不一致的结果带来了很多方法学上的问题。这些问题的解决方法已经投稿到系统学著名杂志Systematic Biology。
  3. 他确定了大规模COI数据中不同变换速率的影响。目前,他和合作者已经发现在鞘翅目中,COI的不同变换速率大量存在,但由于去掉它们不利于产生合理的比对结果,因此这些不同变换速率是有利的。COI的趋同性与异质性特点并没有影响它们的应用,因此存在一定的可能性将它们整合到分子分类与分子系统学工作中。
  4. 相关方法与流程,Douglas博士通过和不同类群专家合作,逐步推广到膜翅目、双翅目、鳞翅目等几个大的昆虫纲类群中。下阶段,他将以蜜蜂总科为主要研究对象,更深入研究大数据集在分子分类与分子系统学中我们将面临的问题,并探讨解决方案。

他的上述技术贡献主要体现在他的博士论文和提交的研究论文中,并体现在下列研究论文的致谢部分:

1. Patrick M. Brock, Heidi Döring, Martin I. Bidartondo. 2008. How to know unknown fungi: the role of a herbarium. New Phytologist, 181(3): 719-724.

技术贡献:数据分析。

2. Sara Pinzón-Navarro, Héctor Barrios, Cesc Múrria, Christopher H.C. Lyal, Alfried P. Vogler. 2010. DNA-based taxonomy of larval stages reveals huge unknown species diversity in neotropical seed weevils (genus Conotrachelus): relevance to evolutionary ecology. Molecular Phylogenetics and Evolution, 56(1): 281-293.

技术贡献:提供数据分析脚本。

3. M. J. T. N. Timmermans, S. Dodsworth, C. L. Culverwell, L. Bocak, D. Ahrens, D. T. J. Littlewood, J. Pons and A. P Vogler. 2010. Why barcode? High-throughput multiplex sequencing of mitochondrial genomes for molecular systematics. Nucleic Acids Research, 1-14.

技术贡献:提供数据分析脚本。


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